A Magyar Pálos Rend alapításának számító 1250-es évek után az egyre gyarapodó remeteségek, Boldog Özséb alapító vezetésével 1262 körül a rend pápai jóváhagyását kezdeményezték. IV. Orbán pápa Pál veszprémi püspökhöz visszautalta Boldog Özséb kérését azzal, hogy egyházlátogatással vizsgálja meg a remeteségeket, alkalmasak-e anyagilag és szellemileg Szent Ágoston reguláit betartani és szerzetes rendként működni. Így került összeírásra az első hét monostor 1263-ban, melyek közül csak a bakonyszentjakabi Szent Jakab monostor találtatott a rendi működésre alkalmasnak. Feltehetően ez azért történt, mert a bakonyszentjakabi monostor egy korábbi, ismeretlen eredetű kolostor volt, amibe pálos szerzetesek települtek be. Ez az összeírás említi először a "Kőkút sancte Maria Magdalena" néven a salföldi pálos kolostort, mely akkor az egyhajós templomból és a köréje települt remetekunyhókból állhatott. A feljegyzések szerint a kőkúti Sal család birtokában állt ez a terület, akik az Atyusz nemzettség egyik ága voltak.
A kolostor további okleveles említése 1307-ben van, amikor szőlőbirtok adományt kaptak a remeték, a kőkúti pálosok. A XV. század közepén királyi pártharcok folynak a területen és a kolostor néhány évre elnéptlenedik, majd később a királyi viszályok végeztével újból visszatérnek a pálosok. Ezután tovább folytatódik a kolostor bővítése gótikus stílusban. 1475-ben a kolostor búcsú engedélyt kap István bíboros szerpaptól. A kolostor végső átépítése a XV-XVI. század fordulójára tehető.
Nagy valószínűséggel a kolostor az 1554-es török hadjárat áldozata lett, ekkor végleg elhagyják a szerzetesek és utánna csak pusztult. Köveit elhordták. A múlt század elején Dornyay Béla is csak a kolostor romját látta.
A maradványok állagvédelme 1959-ben kezdődött meg minimális feltárásokkal, majd 1962 és 1967 között folytatódott. A feltárást Dr. Sági Károly régész irányította. Az állagmegóvási tervet Schőnerné Pusztai Ilona készítette el és ő irányította a munkálatokat is. A kolostorrom helyreállítása az akkori műemlékvédelmi irányzatnak megfelelően az "olasz" stílusban, tégla kiegészítésekkel készült. A helyreállítás során megújult a nagyon szép cserépfedéses sekrestye és kápolna, melyekben "kőtárat" alakítottak ki a megtalált, debe nem építhető faragott kövek bemutatására. Látványos lett a téglával helyreállított diadalív, a pince boltívei valamint a templom ablaknyílásai. Ez az olaszos irányzat azonban folyamatos állagmegóvást igényelt volna, ami nem történt meg több, mint 30 évig. Így a rom nem bírta ki a magyarországi éghajlat viszontagságait és sajnos a magyar műemlékvédelem egyik elfelejtett rom-együttesévé vált egészen 2004-ig.
2002-ben a Monostorapáti Erdészet fejlesztési tervek készíttetett a kezelési területükön található 4 jelentős műemlékre, melyek közt a legrangosabb a Salföldi Pálos kolostorrom. 2003-ban elkésszíttetik a kolostorrom álagmegóvási tervét, ugyan azzal a Schőnerné Pusztai Ilona műemléki tervezővel, aki az eredeti tervet is készítette, közel 40 évvel azelőtt. 2004-ben megyei pályázat segítségével sikeresen felújították az életveszélyes diadalívet. 2005 és 2007 között sikeres Nemzeti Kulturális Alap pályázatokkal 3 év alatt a teljes romkonzerválást és a felújítást is sikerült megvalósítani.